כחלק מקמפיין "אסטרטגיית החזית המאוחדת" משתמשת המק"ס (המפלגה הקומוניסטית הסינית) במכוני קונפוציוס להחדיר את האידיאולוגיה הקומוניסטית לחברה המערבית, במסווה של למידת השפה הסינית. כך מדווח הארגון העולמי לחקירת רדיפת הפאלון גונג (WOIPFG) בדו"ח שפורסם באחד במאי 2014 .

למסקנה הזאת הגיעו על סמך ניתוח מערך ההוראה הכללי, נתוני מימון והשקעות, מבנה ארגוני ופעילויות בתוך ומחוץ לסין.

על-פי נתוני אתר מכוני קונפוציוס, עד 2013 הוקמו 440 מכוני קונפוציוס ב-120 מדינות ואזורים, בנוסף להפעלת 646 כיתות קונפוציוס בבתי ספר יסודיים ובחטיבות ביניים. נתוני הרישום למכונים ולכיתות כוללים 850,000 תלמידים.

הקונפוציאניזם הוא אחד מאבני היסוד של התרבות הסינית המסורתית. במשך העשורים האחרונים הושמץ הקונפוציאניזם בחריפות על ידי המק"ס, במיוחד במהלך "מהפכת התרבות הגדולה". אולם זה לא מפריע למשטר הסיני להקים מספר גדול של מכוני קונפוציוס במדינות רבות בשנים האחרונות.

הדו"ח מזהה זאת כגל נוסף של חדירה קומוניסטית בעטיפה נאה.

מקצוענים בכירים בתחום החינוך בארה"ב ובקנדה שמו לב לתופעה והביעו חששות בעניין.

בסוף אפריל יותר מ-100 חברי אקדמיה ובכללם 7 דיקני מחלקות באוניברסיטת שיקאגו חתמו על מכתב משותף לבכירי האוניברסיטה, בדרישה לבטל את החוזה עם האן-באן, משרד המועצה הבין-לאומית ללימודי השפה הסינית שהוא למעשה ארגון המפקח על מוסדות קונפוציוס.

במכתב צוין: "הבעיה הממשית היא שזהו ממש מין סידור חורג, שבו גוף חיצוני לאוניברסיטה, וכזה שהוא בעל עוצמה ויש לו אינטרס חזק במה שנלמד, משפיע בעצם על מי המורים ומה יילמד, וזאת תחת השם שלנו ובתוך תכנית הלימודים שלנו".

האגודה הקנדית של מורי האוניברסיטאות (CAUT) העבירה בדצמבר 2013 החלטה לסיים את כל הקשרים עם מוסדות קונפוציוס עקב ההשפעה החזקה שיש למפלגה הקומוניסטית הסינית עליהם.

מנהל CAUT, ג'יימס טורק, ציין שמוסדות קונפוציוס הם במהותם זרועות פוליטיות של המשטר הסיני: "אם לומר זאת בפשטות, מוסדות קונפוציוס הם בבעלות ותפעול ממשלה רודנית ומחויבים למדיניות שלה".

"בהסכמה לארח מוסדות קונפוציוס, אוניברסיטאות וקולג'ים קנדיים מתפשרים על היושרה שלהם בכך שהם מאפשרים למועצה הבין-לאומית ללימודי השפה הסינית להשמיע קולה במספר עניינים אקדמיים, כמו תכנית לימודים, תכנים ונושאים לדיון בכתה", הסביר טורק. "התערבות כזאת היא הפרה בסיסית של החופש האקדמי".